Cовместная российско-германская Комиссия историков уходит своими корнями к политической инициативе Канцлера Германии Гельмута Коля и Президента Российской Федерации Бориса Ельцина 1993/1994 года. Последовавшие за этим переговоры привели к письменному соглашению между Статс-секретарем Федерального министерства иностранных дел Германии и Первым заместителем Министра иностранных дел России о создании Комиссии, а также ее задачах. На учредительном заседании 1988 года в Бонне были разработаны базовые принципы и цели Комиссии, определен характер сотрудничества в рамках ее деятельности [коммюнике Комиссии об учредительном заседании].

Задача Комиссии заключается в поддержке всестороннего научного изучения российско/советско-германских отношений в XX веке в духе гласности и объективности. С этой целью Комиссия ежегодно организует коллоквиумы, поочередно в Федеративной Республике Германия и в Российской Федерации, инициирует и поддерживает исследовательские и издательские проекты и публикует результаты своей деятельности на немецком и русском языках («Сообщения»). Комиссия призвана способствовать облегчению доступа к соответствующим архивным материалам в России и Германии.

Этим целям отвечает репрезентативный состав Комиссии.